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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
10/05/2022 |
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Data da última atualização: |
09/11/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
SILVA, T. L. C. da. |
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Afiliação: |
THALLITON LUIZ CARVALHO DA SILVA, Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. |
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Título: |
Fenômica e integração de transcritômica e metabolômica na análise das respostas de Gliricidia sepium (JACQ.) STEUD. e Portulaca oleracea L. ao estresse salino. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Lavras, MG: Universidade Federal de Lavras, 2021. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre. Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior, pesquisador da Embrapa Agroenergia. Coorientador: Leonardo Fonseca Valadares, pesquisador da Embrapa Agroenergia. |
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Conteúdo: |
A salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega. MenosA salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de el... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estresse Abiótico; Multi-ômica. |
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Thesagro: |
Salinidade. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1142813/1/Thalliton-Luiz-Carvalho-da-Silva-Dissertacao-Mestrado-2021.pdf
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Marc: |
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260 $aLavras, MG: Universidade Federal de Lavras$c2021
500 $aDissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre. Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior, pesquisador da Embrapa Agroenergia. Coorientador: Leonardo Fonseca Valadares, pesquisador da Embrapa Agroenergia.
520 $aA salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega.
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 2. |  | BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 281 e-book| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 3. | | BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. p. 281 e-book| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 4. | | TORRES, A. B. B.; ROCHA, A. R. DA; SILVA, T. L. C. DA; SOUZA, J. N. DE; GONDIM, R. S. Multilevel data fusion for the internet of things in smart agriculture. Computers and Electronics in Agriculture, [Amsterdam], v. 171, artigo 105309, 16 p., Apr. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 6. | | SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; LEAO, A. P.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Transcriptome-wide analysis of aquaporins and their responses in Gliricidia Sepium under high level of salinity stress. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 321| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 9. | | SILVA, V. N. B.; SILVA, T. L. C. da; FERREIRA, T. M. M.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; VALADARES, L. F.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Multi-omics analysis of young Portulaca Oleracea L. plants' responses to High NaCl doses reveals insights into pathways and genes responsive to salinity stress in this halophyte species. Phenomics, 2022. Published online: 15 June 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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| 10. | | BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; MAIA, A. de H. N.; SOUSA, C. A. F. de; QUIRINO, B. F.; SOUZA JÚNIOR, M. T. Molecular interplay between non-host resistance, pathogens and basal immunity as a background for fatal yellowing in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) plants. International Journal of Molecular Sciences, v. 24, n. 16, article 12918, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Meio-Norte. |
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| 11. | | SALGADO, F. F.; SILVA, T. L. C. da; VIEIRA, L. R.; SILVA, V. N. B.; LEAO, A. P.; COSTA, M. M. do C.; TOGAWA, R. C.; SOUSA, C. A. F. de; GRYNBERG, P.; SOUZA JUNIOR, M. T. The early response of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) plants to water deprivation: Expression analysis of miRNAs and their putative target genes, and similarities with the response to salinity stress. Frontiers in Plant Science, n. 13, 970113, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | BRAGA, Í. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Deep untargeted metabolomics analysis to further characterize the adaptation response of Gliricidia sepium (Jacq.) Walp. to very high salinity stress. Frontiers in Plant Science, v. 13, Art. 869105, May, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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| 13. | | BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; VIEIRA, L. R.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) Study in Oil Palm (Elaeis gineensis Jacq.) Response to Abiotic Stresses: Part One?Salinity. Plants, 11, n. 1755, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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| 14. | | LEAO, A. P.; BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; BRAGA, I. de O.; VIEIRA, L. R.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; ABDELNUR, P. V.; SOUZA JUNIOR, M. T. Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) Study in Oil Palm (Elaeis gineensis Jacq.) Response to Abiotic Stresses: Part Two - Drought. Plants, 11, n. 2786, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 15. | | LEAO, A. P.; BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; BRAGA, Í. de O.; VIEIRA, L. R.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) study in Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq.) response to abiotic stresses: Part Two-Drought. Plants, v. 11, n. 20, 2786, Oct. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 16. | | BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; VIEIRA, L. R.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) study in oil palm (ELAEIS GUINEENSIS JACQ.) response to salinity and drought stresses. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 394| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 17. | | BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; VIEIRA, L. R.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) study in oil palm (ELAEIS GUINEENSIS JACQ.) response to salinity and drought stresses. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. p. 394| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 18. | | SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; BRAGA, I. de O.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; VALADARES, L. F.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Integration of metabolomics and transcriptomics data to further characterize Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth under high salinity stress. Plant Genome, e20182, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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| 19. | | RODRIGUES NETO, J. C.; SALGADO, F. F.; BRAGA, I. DE O.; SILVA, T. L. C. DA; SILVA, V. N. B.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; VALADARES, L. F.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Osmoprotectants play a major role in the Portulaca oleracea resistance to high levels of salinity stress?insights from a metabolomics and proteomics integrated approach. Frontiers in Plant Science, v. 14, 1187803, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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